Öffnet bei euch die Templates und wählt dort das Template, das für die Darstellung eines einzelnen Blogposts zuständig ist. (Bei mir heißt das "Individual Entry Archive" und befindet sich ind er Liste der "Archive" Templates.) Sucht euch eine geeignete Stelle, beispielsweise unterhalb des Blogposts, in dem Template aus und fügt dort einfach folgenden Code ein:

<script type="text/javascript">
var flattr_uid = 'xxx';
var flattr_tle = '<$MTEntryTitle$>';
var flattr_dsc = '<$MTEntryExcerpt$>';
var flattr_cat = 'text';
var flattr_lng = 'de_DE';
<mt:EntryIfTagged>
var flattr_tag = '<mt:EntryTags glue=','><$mt:TagName$></mt:EntryTags>';
</mt:EntryIfTagged>
var flattr_url = '<$MTEntryPermalink$>';
// var flattr_btn = 'compact';
// var flattr_hide = 'true';
</script>
<script src="http://api.flattr.com/button/load.js" type="text/javascript"></script>

Wichtigste Anpassung: Ihr müsst "xxx" durch eure Flattr-ID ersetzen. Die seht ihr wenn ihr einen aktivierten Flattr-Account habt rechts unter "Your user info" als "User ID".

Im Beispiel gehe ich davon aus, dass eure Blogposts zur Flattr-Kategorie Text gehören. Es wären auch noch andere Werte zulässig. Das macht aber nur dann Sinn, wenn eure Blogposts wirklich nur Bilder (Typ: "images"), Videos (Typ "video"), Audioaufnahmen (Typ: "audio") oder reine Softwaredownloads (Typ "software") sind. Eine Beschreibung einer Software wäre weiter "text", nur die Software selbst sollte "software" sein. Bei Blogs trifft "text" also eigentlich immer zu.

Bei der Sprache gehe ich davon aus, dass ihr auf Deutsch bloggt. Eine Übersicht aller Sprachen, die ihr bei "flattr_lng" als Alternative zu "de_DE" einsetzen könnt, findet ihr hier. Für Englisch wäre das beispielsweise "en_GB".

Die letzten beiden - im Beispiel auskommentierten - Einstellungen sorgen für einen flachen länglichen Button (flattr_btn) bzw. dafür, dass Leute euch Spenden können, die Inhalte aber nicht bei Flattr gelistet werden ("flattr_hide"). Wenn ihr das aktivieren wollt, nehmt einfach die führenden // in diesen Zeilen weg.

Die selbe Integration könnt ihr an allen Stellen vornehmen, an denen Artikel integriert werden. Beispielsweise auch auf eurer Startseite, in den Kategorie-/Tag-Archiven, etc. Achtet dabei lediglich darauf, dass ihr das innerhalb der beiden MTEntries-Tags macht, denn nur dort stehen die entsprechenden Felder zur Verfügung.

Abschließend noch ein Hinweis für Anwender von Movable Type 3.x: Dort war das mit den Tags noch etwas anders gelöst. Daher sind dort folgende Anweisungen
<mt:EntryIfTagged>
var flattr_tag = '<mt:EntryTags glue=','><$mt:TagName$></mt:EntryTags>';
</mt:EntryIfTagged>
durch
var flattr_tag = '<MTEntryTags><$MTTagName$>,</MTEntryTags>';
zu ersetzen oder ganz zu entfernen wenn kein Tagging verwendet wird.